2015年3月19日，经赣编办函（2015）51号批准为公益一类事业单位。

一、内设7个科室：办公室、资源保护科、科研管理科、青山保护管理站、宝峰保护管理站、璪都保护管理站、大杞山保护管理站。

二、职责职能为：1、贯彻执行国家有关自然保护的法律法规和方针政策。2、制定九岭山国家级自然保护区各项管理制度，并实施统一管理。3、调查保护自然资源并建立档案，组织环境监测，保护自然环境和自然资源。4、组织和协调有关部门开展科研工作。5、开展保护区的自然保护宣传教育。6、在不影响保护区自然环境和自然资源的前提下，组织参观、学习等活动。